Njegovo glavno delovno področje je bila slovenska literarna zgodovina, ukvarjal pa se je tudi s primerjalnimi vpraąanji, predvsem z odnosi med juľnoslovanskimi knjiľevnostmi, s teorijo literature in kulture ter z razvojem slavistike. Celoten obseg predmeta je obdelal v obąirni Zgodovini slovenskega slovstva (soavtor Franc Zadravec), v kateri je uveljavil več vsebinskih in metodoloąkih novosti. V razpravah in tematskih zbornikih ter v kritičnih izdajah in antoloąkih izborih je raziskoval zlasti starejąa slovstvena besedila, jih uvrąčal v slovenski in evropski kulturnozgodovinski kontekst ter analiziral njihove stilne in retorične sestavine. Ukvarjal se je tudi s sodobno knjiľevnostjo, posebej pa se je posvetil zamejskemu in zdomskemu slovstvenemu ustvarjanju. Razvil je primerjalno jugoslavistiko kot samostojno raziskovalno smer ter ji izdelal temeljna načela in metodologijo. Literarno zgodovino je dopolnjeval s teoretičnimi pogledi in jo nadaljeval v smer kulturoloąkega raziskovanja in esejistične obravnave. Deloval je tudi kot kritik in publicist; uredil je več pomembnih izdaj (Freisinger Denkmäler, München 1968; Starejąe slovensko slovstvo, 1980; Trubar in njegovi, 1984; Slovenska misel: Eseji o slovenstvu, 1985; Preľihov Voranc: 1893–1993, 1993, z Janezom Mrdavąičem) in antologijo slovenske knjiľevnosti v 30 knjigah (Slovenačka knjiľevnost, Novi Sad 1979–87).
Stritarjev literarni nazor. Ljubljana 1963.
Zgodovina slovenskega slovstva I–VIII. Maribor 1968–72 (s Francem Zadravcem).
Slovensko zamejsko in zdomsko slovstvo. Trst 1972.
Jernej Kopitar. Ljubljana 1977.
Parametri in paralele. Ljubljana 1978.
Na kriľiąčih zgodovine. V: Josip Stritar: Zorin. Ljubljana 1985. 143–221.
Slovenska Lepa Vida ali hoja za roľo čudotvorno. Ljubljana 1988.
Differenzen und Interferenzen. München 1989.
Jugoslavističke teme. Vinkovci 1990.
Kulturni pomen Slomąkovega dela. Maribor 1991.
O njem
Martin Grum: Bibliografija Joľeta Pogačnika ob ąestdesetletnici. SR 41 (1993). 297–328.
Franc Zadravec: Joľetu Pogačniku v spomin. Slavistična revija 50, ąt. 4 (okt.–dec. 2002). 541–542.